Mikrobitutkimuksia voi tehdä muutamilla eri menetelmillä, mutta tässä tekstiosiossa keskitytään lähinnä materiaalinäytteen suoraviljelyyn ja laimennossarjaan, sillä nykyohjeistuksen mukaan mikrobikasvu todetaan ensisijaisesti rakennusmateriaalista mikrobien kasvatukseen perustuvalla laimennossarja- tai suoraviljelymenetelmällä ja mikroskopoimalla tehdyllä analyysillä.

Suoraviljelymenetelmällä voidaan todeta materiaalissa olevan viite vauriosta, kun havaitaan runsaasti (+++) tai erittäin runsaasti (++++) elinkykyisiä sieni-itiöitä tai aktinomykeettejä. Lisäksi materiaalissa voidaan todeta olevan lievä viite vauriosta, jos mikrobipitoisuudet ovat niukat tai kohtalaiset, mutta lajistossa on useampi kosteusvaurioindikaattori. Edellä mainitut + -merkit tarkoittavat karkeaa arviota sieni-itiöpitoisuuksista alla olevan taulukon mukaisesti.

Laimennossarjalla tehdyt laboratorioanalyysit ovat kvantitatiivisessa määrityksessä tarkempia kuin suoraviljelyllä saadut tulokset. Menetelmässä materiaalinäytettä laimennetaan denaturoidulla vedellä, jonka jälkeen näytettä kasvatetaan elatusalustoilla. Kasvatuksen jälkeen elinkykyiset mikrobilajit tunnistetaan mikroskopoinnin ja morfologian perusteella kuten suoraviljelyssäkin, mutta niiden määrällinen tulkinta moninkertaistetaan laimennuksen suhteen. Mikrobitutkimusten tulosten perusteella arvioidaan, onko tutkitussa materiaalissa epätavanomaiseen mikrobikasvustoon viittaavia määriä (pmy/g) tai lajeja alla esitetyn taulukon mukaisesti.

Lisäksi laimennossarjamenetelmässä tulkitaan samaan tapaan kuin suoraviljelyssäkin useampien kosteusvaurioindikaattorien (tietyt mikrobilajit) merkitystä vaurio.

Nykyään enenemässä määrin kiinnitetään huomiota mikrobilajistoon, eikä tuijoteta vain mikrobipitoisuutta. Etenkin sellaiselle rakenneosalle, jossa ei tyypillisesti pitäisi esiintyä tiettyjä mikrobilajeja (kosteusvaurioindikaattoreja), tulisi herkemmin tehdä tulkintaa lajin perusteella. Kosteusvaurioindikaattoreiksi luokitellaan sellaisia mikrobilajeja, joiden esiintyminen nykykäsityksen mukaan on tyypillistä kosteus- ja mikrobivaurioituneissa materiaaleissa. Eri laboratorioilla saattaa olla oman tietokantansa perusteella ns. indikaattorilistoillaan sellaisia lajeja, joita ei jollakin toisella laboratoriolla ole, mutta pääosin ollaan yksimielisiä tärkeimpien indikaattorimikrobien merkityksestä. Asumisterveysasetuksen soveltamisohjeessa on listattu tärkeimmät indikaattorimikrobit, jotka ovat: Acremonium, aktinomykeetit, Aspergillus fumigatus, Aspergillus ochraceus, Aspergillus penicillioides, Aspergillus restrictus, Aspergillus sydowii, Aspergillus terreus, Aspergillus ustus, Aspergillus versicolor, Chaetomium, Eurotium, Exophiala, Fusarium, Geomyces, Oidiodendron, Paecilomyces, Phialophora sensu lato, Scopulariopsis, Sporobolomyces, Sphaeropsidales, Stachybotrys, Trichoderma, Tritirachium, Engyodontium, Ulocladium, Wallemia.

Mikrobitutkimuksin arvioitua epätyypillistä mikrobikasvua ei kuitenkaan aina voida tulkita yksinomaan edellä mainittujen tulkintaohjeiden perusteella. Rakennetyyppi, rakennuksen ikä tai materiaalin sijainti voivat vaikuttaa siihen, tulkitaanko jokin mikrobikasvusto epätavanomaiseksi. Esimerkiksi vesikaton yläpohjan eristeet saattavat olla jatkuvasti ulkoilmaan yhteydessä, jolloin mm. Cladosporium ja Penicillium ovat korostuneita ja usein ainoita näytteestä tunnistettuja lajeja, mutta niiden yksipuolinen esiintyminen ei välttämättä viittaa vaurioon materiaalissa. Tällaisissa tilanteissa olennaista on se, että kuntotutkija ymmärtää, kuinka tulkita tutkimustuloksia.