Nykykäsityksen mukaan mikrobit ja niiden aineenvaihduntatuotteita pidetään ehkäpä merkittävimpänä sisäilmaston laatutekijöiden heikentäjänä puhuttaessa sisäilman epäpuhtauksista. Rakenteissa ja sisäilmassa esiintyvillä mikrobeilla tarkoitetaan lähinnä home-, hiiva- ja lahottajasieniä sekä bakteereja. Sieniin kuuluvat mikrobit, kuten homeet ja hiivat, voivat tuottaa rihmaston kappaleita ja ne lisääntyvät itiöiden avulla. Jotkut homeet voivat tuottaa jopa toksisia aineenvaihduntatuotteita (mykotoksiinit). Hiivat ovat sen sijaan sieniä, mutta niiden esiintyminen on tavanomaisempaa elintarvikkeissa tai rakennuksissa hyvin kosteissa olosuhteissa, kuten märkätilat. Bakteereista puhuttaessa tunnetuin tämän päivän ”pahis” lienee aktinobakteeri tai aktinomykeetti, josta käytetään myös nimitystä sädesieni, vaikka kyseessä ei olekaan sieni vaan bakteeri. Lahottajasieniä voi myös esiintyä rakenteissa, joissa on erittäin ankarat kosteusolosuhteet ja rakennuksissa tällainen voi ilmetä esim. puumateriaalien lahovaurioina. Tyypillisimmin lahovaurioita esiintyy julkisivun ja lähellä maanpintaa olevissa puumateriaaleissa, jos niitä ei ole suojattu riittävästi kosteudelta.

Oli kyseessä mikä tahansa mikrobiperäinen epäpuhtaus, olennaista on se, että niiden kehittymistä säätelee suureksi osaksi lämpö ja kosteus, joista tärkein on kosteus. Kosteus voi olla pitkäaikaista rasitusta, kuten monissa ns. riskirakenteissa tai äkillistä, kuten vesivahingon sattuessa. Äkilliset vesivahingot ei itseäni niin kiinnosta, kun niiden tutkiminen on melko suoraviivaista ja nopeasti vesivahinkoon reagoidessa suuria mikrobivaurioita ei pääse tapahtumaan. Sen sijaan rakennusfysikaalisesti huonosti toimivat rakenteet kiinnostavat enemmän, koska niissä täytyy ymmärtää rakenteiden ominaisuuksien aikaansaama kosteustekninen haaste ja sitä kautta vaurioiden ilmeneminen. Mikrobivaurioitumista on käsitelty laajemmin rakennusmateriaalin vaurioitumisen edellytykset -osiossa.

Sosiaali- ja terveysministeriön asetuksessa (STMa 545/2015) ja sen soveltamisohjeeseen (Asumisterveysasetuksen soveltamisohje Osa IV, Valvira, 2016) on määritelty tulkintaohjeet mikrobikasvun toimenpiderajan ylittymisestä. Toimenpiderajan ylittymisenä pidetään aistinvaraisesti tai mikrobianalyysillä todettua mikrobikasvua rakenteen sisäpinnalla, sisäpuolisessa rakenteessa, lämmöneristeessä tai muussa rakennusosassa, jos sisätiloissa oleva voi sille altistua. Lisäksi tiedetään, että maaperässä on luonnollisesti mikrobikasvun edellytyksille suotuisat olosuhteet, jolloin maaperäyhteyttä sisäilmaan ei saisi esiintyä. Etenkin rakennusjätteiden vaurioituminen alapohjan alapuolisessa tuuletustilassa tai maanvastaisen alapohjan rakennuspohjassa, lisäävät maaperäyhteyden haitallisia vaikutuksia etenkin, kun rakennusaikaisissa jätteissä on tapahtunut runsasta homeen kehittymistä. Mikrobivaurioituneiden rakennusmateriaalien sisäilmayhteyttä voidaan tutkia esim. merkkiainetutkimuksin, joista on kirjoitettu merkkiainetutkimukset -osiossa.

Mikäli aistinvaraisin keinoin ei voida todeta vauriota, mutta kuitenkin epäillään rakennuksessa olevan kosteus- / mikrobivaurioita, voidaan asiaa tutkia laboratoriokokein. Tyypillisimmin käytetyt laboratoriokokeet ovat suoraviljely- ja laimennossarjamenetelmä, jotka ovat akkreditoituja eli nk. laatuvarmistettuja menetelmiä. Lisäksi akkreditoituja menetelmiä ovat esim. qPCR, joka perustuu näytteessä olevan DNA:n analyysiin tai pintasivelynäytteet, jotka tutkitaan saman kaltaisesti kuin materiaalinäytteet laimennossarjaa hyödyntäen. On olemassa myös joitakin muita menetelmiä, kuten mikrobien sisäilmaan aiheuttavaa toksisuutta mittaavat menetelmät (esim. Mycometer), mutta tällä hetkellä viranomaisohjeistukset eivät ole vielä todenneet kaikkia mittausmenetelmiä validoiduiksi eli ns. laatuvarmistetuiksi. Suoraviljelyllä ja laimennossarjalla tehdyistä mikrobitutkimuksista on tarkemmin kerrottu mikrobitutkimukset -kohdassa.

Epäiltäessä kosteus- ja mikrobivaurioita, olisi hyvä ottaa yhteyttä asiantuntevaan henkilöön, joka pystyy jo ensikatselmuksen ja lähtöaineiston perusteella havaitsemaan mahdollisia riskikohtia. Hyvä kuntotutkija käy huolellisesti läpi kaikki oleelliset sisäilmaan vaikuttavat tekijät ja mahdolliset epäpuhtauslähteet, sekä muodostaa selkeän kokonaiskuvan rakennuksen kunnosta.